高效液相色譜儀使用時會遇到的問題有以下幾點：
1. 色譜柱中的流動相會排干嗎？
如果泵將溶劑瓶中的流動相吸干，并不會造成色譜柱的損壞。即使泵中充滿了空氣，泵也不會將空氣排 入色譜柱。因為泵只能輸送液體，而不能輸送空氣。相比之下，另一個更可能發生的情況是忘記蓋上色譜柱兩端的密封蓋或蓋子太松而使色譜柱變干。同樣，整個色 譜柱干涸的情況不太容易發生，多半可能只是色譜柱兩端的幾個毫米變干了，因揮發掉所有溶劑是色譜柱變干需要相當長的時間。即使色譜柱真的變干了，可以嘗試用一種*脫氣的、表面張力低的溶劑(如經氦氣脫氣的甲醇)沖洗色譜柱以除去氣體。較低的表面張力有助于浸潤填料表面；已脫氣的溶 劑應該能夠溶解并去除滯留在填料中的氣體。色譜柱大約需要(以1mL/min的流速)沖一個小時或更多的時間被*浸潤，恢復到正常狀態。
2. 使用PEEK管路和接頭需要注意什么問題？
如果經常需要改變流路或更換不同品牌的色譜柱，使用PEEK材料制成的管路和接頭會非常方便。PEEK管路容易連接；PEEK接頭不僅無需工具，手擰即可固定，而且容易調節錐箍之外的管路長度，方便與不同品牌或規格的色譜柱相連接。
使 用此類材料的管路需要注意的是：PEEK對鹵代烷烴的兼容性不好。雖然未觀察到上述溶劑溶解PEEK材料的明顯跡象，但PEEK遇到上述溶劑會 變脆。另一個西藥考慮的因素是壓力限。不銹鋼管可耐受6000psi的壓力，但PEEK管只能耐受近4000psi(但多數HPLC應用系統壓力不會超過 3000psi)。
使用PEEK接頭時則無需擔心接頭耐溶劑性能，因為接頭幾乎或很少與溶劑直接接觸。但手擰固定的PEEK接頭壓力限低于不銹鋼管，因而壓力太高時，可能會使接頭在管路上滑動而產生死體積或漏液。
3. 如何預防液相泵的故障？
要保持泵的良好操作性能,必須維護系統的清潔,保證溶劑和試劑的質量,對流動相進行過濾和脫氣.下面列出預防泵故障的幾項措施:
1.用高質量試劑和HPLC級溶劑；
2.過濾流動相和溶劑；
3.脫氣；
4.每天開始使用時放空排氣，工作結束后從泵中洗去緩沖液；
5.不讓水或腐蝕性溶劑滯留泵中；
6.定期更換墊圈；
7.需要時加潤滑油；
8.查閱有關泵操作手冊中的其它建議。
